Народная артистка РФ, профессор
Училась по классу кларнета в Саратовском музыкальном училище (окончила в 1959 году, класс преподавателя А. Урусова), затем - в ГМПИ имени Гнесиных у Александра Штарка и Николая Мозговенко (окончила в 1964 году), совершенствовалась в ассистентуре-стажировке у Бориса Дикова.
В 1962 и 1963 годах завоевала премии на Международном конкурсе в Хельсинки и Всесоюзном конкурсе в Ленинграде.
С середины 1960-х годов самостоятельно начала осваивать исполнение на саксофоне, в начале 1970-х прошли первые её сольные выступления. По инициативе Маргариты Шапошниковой в 1973 году класс саксофона был открыт в ГМПИ имени Гнесиных, где она преподаёт. Среди её учеников – лауреаты российских и мировых конкурсов.
В репертуаре Маргариты Шапошниковой – классические произведения для саксофона и многочисленные сочинения, посвящённые ей современными авторами.