Родилась в Ленинграде. Уже в 7 лет состоялись ее первые сольные концерты с камерным оркестром Мариинского театра, а также в дуэте с ее отцом – флейтистом Владимиром Федотовым. В 1996 году окончила Санкт-Петербургскую консерваторию (класс профессора Александры Вавилиной-Мравинской). С 1991 года - солистка Большого Симфонического Оркестра им. Чайковского под управлением Владимира Федосеева.
Участница международных фестивалей, таких как Зальцбургский, Вербье, Эльмау, Локенхаус, Брегенц, «Snow and Simphony», «Bach at la transcription», «Les Museiques», «Europalya», «Декабрьские вечера», «Дворцы Санкт-Петербурга», «Пасхальный» (участие в проекте "Всемирный оркестр мира"), Ментон, Gmunden, Reichenau, Kronberg Academy и многих других.
Мария Федотова названа европейской прессой «музыкантом мирового класса» («Neue Musik», 26.02.01). Ее сольные выступления проходят в лучших залах – Большой зал Московской консерватории, Петербургская Филармония и Капелла, Золотой Зал Musikverein Vienna, Cite de la Musique Paris, Musikhalle Hamburg. Сотрудничает с такими дирижерами, как Владимир Федосеев, Юстус Франц, Александр Титов, Роберт Штелли, Теодор Курентзис, Роман Кофман, Арнольд Кац, Саулюс Сондецкис.
Сотрудничает с такими выдающимися музыкантами, как Гидон Кремер, Юрий Башмет, Татьяна Гринденко, Александр Рудин, Наоко Йошино, Михала Петри.
Представила российской и европейской публике премьеры современных композиторов – Кристофер Роуз, Нед Рорем, Леонард Бернстайн, Тору Такемицу, Борис Тищенко, Владимир Мартынов, Вячеслав Гайваронский, Гия Канчели, Элиот Картер, Роланд Фрайзитцер, Томас Хайниш, Томас Майер, Вера Янарчекова, Павел Карманов, Кшиштоф Зграя, Арвидас Мальцис. Классика сочетается с авангардом в ее репертуаре, традиционные программы - с альтернативными. Еще в юношеском возрасте изучала аутентичное исполнительство на исторических инструментах.
«Флейтистка способна была поразить уже одной только виртуозностью, однако ее способности и артистизм прямым путем ввели нас в музыку и окружили ею. Мы общались с самою идеей, а не с технологией ее реализации, и при этом испытали вкус приключения, доселе неизведанного» (газета «Летувос ритас», 2002).
Воплощение сочетания грациозности, естественности, молодого обаяния и внутренней культуры», - газета «Летувос ритас», 2001.
